<div></div>タグ自体はあまり意味を持ちません。使い方としては、その他の各要素を束ねる目的として利用される事が多いタグです。
スタイルシートで段組する際も、ヘッダー部分、コンテンツ部分、サイドバー部分等を包括し、この<div></div>にスタイルを指定してレイアウトしています。
間違った使用法
時々、変な使い方をしているサイトを見かけますが、下記のような使い方は好ましくありません。（ブラウザ上ではちゃんと表示はします。某有名ブログも好ましくない構造だったりします。）
単にブロックレベル要素として<div>タグを利用するパターン。
<div>MENU</div> <div>Home</div> <div>ホームページの構造</div> <div>タグ講座</div> <div>ホームページ作成講座</div>
サイドバー内のメニューを作成する際、上記のように指定しているサイトがありますが、この場合は下記のように指定します。
<p>MENU</p> <ul> <li>Home</li> <li>ホームページの構造</li> <li>タグ講座</li> <li>ホームページ作成講座</li> </ul>
もしくは
<ul> <li>MENU <ul> <li>Home</li> <li>ホームページの構造</li> <li>タグ講座</li> <li>ホームページ作成講座</li> </ul> </li> </ul>
などと指定するべきです。
因みに<div>をブロックレベル要素として上記メニューの他に文章などをマークアップしても、某有名チェックツールなどではチェックを受けません。チェックツールもただのプログラムだからかも知れませんが、アクセシビリティ面を考慮するなら本来の意味合いを持った正しいタグを使用するべきではないでしょうか。
